Nach den erhältlichen Daten die geschriebene Geschichte des heutigen Krapina-Zagorje Gespanschaftsgebietes beginnt Ende des 12. Jahrhunderts. Basierend auf archäologischen Funden kann man beschließen, dass auf dem Gebiet der heutigen Gespanschaft ein organisiertes Leben schon während der Bronzezeit existierte. Die Bevölkerung der Bronzezeit bewohnte, vor 3000 Jahren, felsigen Berg auf dem Gebiet der heutigen Krapina, was zahlreiche gefundene Tonscherben, Steinform zum Gießen, Bronzeäxte und Behausungen beweisen. Auf dem Berg Hušnjakovo bei Krapina wurden die Reste des Höhlenmenschen, der das Feuer kannte und von der Jagd lebte, gefunden. Das ist einer der größten Fundorte in Europa. Gefundene Beweise von etwa 1200 Stück Steinwerkzeugen indizieren, dass der Höhlenurmensch der berühmten prähistorischen Kultur (Premousterien) gehörte. Auf dem Berg Podoštinje, oberhalb Radoboj, im Jahr 1850 fand man 11 prähistorischer Hügelgräber. Auf ihnen wurden, unter anderem, Dachziegel, Eisenstücke, sowie mehrere Gefäße und Grills gefunden. Im Bach in der Nähe von Radoboj wurde auch die Steinaxt gefunden.

Die Schaffung des tausendjährigen römischen Reichs umging auch diese Gebiete nicht. Die Nachweise über ihren Aufenthalt finden wir auf mehreren Plätzen. In Mihaljević Jarak (Graben), auf der südlichen Seite von Krapina, wurden im Jahr 1895 Opferaltäre des Gottes Jupiter gefunden. Sie wurden von Titus Accius Severus und Marcus Ulpius Placidinius, hochrangigen Offizieren aus der Zeit des Kaisers Commodus (180 – 192) erbaut. An dieser Stelle war wahrscheinlich die Armeestation und Kreuzung der Straßen von Bednja über Radoboj und Lepoglava mit der Straße auf Krapinčica. Abzweigung der römischen Straße von Ptuj nach Fluss Sava ging wahrscheinlich durch den Engpass bei Krapina. Hier wurden mehrere wichtige archäologische Funde, die über die Existenz einer römischen Siedlung mit Militär- und Straßenservice berichten, gefunden. Außer neben den Straßen, die Spuren der römischen Kultur treffen wir auch neben Thermalquellen und Minen.

Das Mittelalter stellt eine neue Phase der Lebens- und Kulturentwicklung auf dem Zagorje Gebiet dar. Aufkeimen der mittelalterlichen Burgen an den Berghängen des nördlichen Teils der Gespanschaft im 13. und 14. Jahrhundert, sowie ihre zur Zeit der Kämpfe mit den Türken angefangene Abschottung führte zu keinen größeren Siedlungsgruppierungen. Die Bevölkerung blieb weiterhin in ihren meist hölzernen Häusern, und hat sie nur in der letzten Gefahr verlassen, meistens während der türkischen Angriffe, wenn sie gleichzeitig flüchteten und sich verteidigten. Wegen häufigen türkischen Brüchen, fehlenden Verkehrsanbindungen, Geschäften und Fachhandel, gab es keinen Bedingungen für die Entwicklung der größeren Siedlungen, beziehungsweise Stadtzentren. Die Abhängigkeit der Bauer von Feudalherren, an welchen sie gebunden waren, ermöglichte keine Immigration und Vergrößerung der einzelnen Siedlungen. Das sind die Hauptgründe, warum im späteren Mittelalter nur zwei Orte anfingen, sich zu den Stadtzentren zu formen – Krapina und Klanjec.

Die wichtigsten Adelsfamilien, die auf dem Gebiet der Krapina-Zagorje Gespanschaft lebten und handelten, sind:

• Familie Rattkay,

• Familie Erdödy,

• Familie Keglević,

• Familie Oršić,

• Grafen Konjski,

• Familie Sermage.

Zur Zeit der härtesten türkischen Anfälle auf Kroatien fanden in Krapina-Befestigung fünf kroatische Parlamentssitzungen (in den Jahren 1598,1599,1600,1605 und 1607) statt. Stadt Krapina wechselte oft ihre Besitzer. Die ältesten Besitzer waren ungarisch-kroatische Könige, und außer ihnen, die Herren waren noch Fürsten von Celje, Familien Keglević und Drašković, während die letzten Herrscher der Stadt die Familien Lichtenberg und Ottenfels waren. Im Mittelalter war Krapina ein wichtiges entwickeltes Handelszentrum. Im Jahr 1347 gab ihr der König Ljudevit das Privileg der freien königlicher Stadt. Zu dieser Zeit war sie das Zentrum der Gespanschaft, welcher alle Zagorje Besitztümer und Schlösser gehörten. Im 15. Jahrhundert wurde sie der Varaždin Gespanschaft angehängt. Die sechs restlichen bestehenden Städte in Gespanschaft – Zabok, Zlatar, Pregrada, Oroslavje, Donja Stubica und Klanjec – entwickelten sich im Mittelalter hauptsächlich als die meisten Siedlungen, Rund um die Sakralbauten.

Am Anfang und in der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts waren viele europäische Länder durch die Welle der Bauernaufstände betroffen. Solche Aufstände traten auch auf dem Zagorje Gebiet auf, nachdem das kroatische Parlament die Bauer zu den Heimatverrätern erklärt hatte, weil sie aufgehört hatten, Abgaben und Steuern an Feudalherrn Franjo Tahi zu zahlen. Zu dem Aufstandsführer wurde Ambroz Gubec (später Matija genannt) aus Gornja Stubica gewählt. In der Nacht von dem 27. auf den 28. Jänner 1573 begann der Aufstand mit dem Angriff an Cesargrad. Während des Februars 1573 wurde der Aufstand der slowenischen Bauern erdrosselt, und ein Tag später wurde die Bauernarmee bei Kerestinec bezähmt, und weitere Aufstände auch. Nur die Gubec Rebellen im kroatischen Zagorje bei Stubičke Toplice blieben unbesiegt. Sie wurden am 9. Februar 1573 von der Armee der Adeligen angegriffen. Nach der Schlacht wurde Matija Gubec gefangen und nach Zagreb, wo er am Platz des Hl. Markus am 15. Februar 1573 auf grausame Weise hingerichtet wurde, gebracht.