I dati a noi noti testimoniano che la storia scritta della odierna Contea di Krapina e dello Zagorje inizia verso la fine del XII secolo. I reperti archeologici provano che sul territorio della Contea esistevano comunità organizzate già durante l'Età del Bronzo. La popolazione in tale periodo, circa 3000 anni fa, aveva popolato la zona di Kameni brijeg (Colle di pietra) situato sulla zona dell'odierna Krapina, di cui ne abbiamo ampia testimonianza attraverso i frammenti in ceramica, stampo in pietra per il versamento dei metalli liquidi, asce in bronzo e le abitazioni. Sulla collina di Hušnjak nelle vicinanze di Krapina sono stati rinvenuti i resti dell'uomo preistorico delle caverne il quale conosceva il fuoco e si sosteneva grazie alla caccia. Questo è una delle zone archeologiche preistoriche più grandi di tutta l'Europa. Più di 1200 pezzi di utensili in pietra trovati indicano che l'uomo preistorico delle grotte apparteneva alla cultura preistorica Premousterien. Sul cumulo di Podoštinje, sopra Radoboj, nel 1850 sono stati trovati 11 colli preistorici. Lì sono stati rinvenute, oltre ad altri reperti, tegole, pezzi di ferro e un grande numero di ciotole e giare. In un ruscello vicino a Radoboj è stata rinvenuta anche un'ascia in pietra.

E anche la costruzione del millenario Impero Romano ha toccato questi territori. Le prove sulla loro permanenza sono state trovate in zone differenti. A sud di Krapina, a Mihaljekov Jarak sono stati trovati nel 1895 gli altari di Giove, eretti da Titus Accius Severus e Marcus Ulpius Placidinius, alti ufficiali dell'esercito nel periodo dell'imperatore Commodo (dall'anno 180 al 192). Molto probabilmente lì vi fu il deposito d'armi e l'incrocio tra la strada che portava da Bednja attraverso Radoboj e Lepoglava con la strada su Krapinčica. Il tratto stradale da Ptuj verso il fiume Sava probabilmente attraversava lo stretto vicino a Krapina. Qui vi furono ritrovati alcuni importanti reperti archeologici i quali testimoniano l'esistenza di un insediamento romano con servizi per l'esercito e di viaggio. Ma i resti degli insediamenti romani non si trovano soltanto lungo le strade, ce ne sono parecchi anche nelle vicinanze delle miniere e sorgenti termali.

Il Medio Evo rappresenta una nuova fase di sviluppo della quotidianità e della cultura nella zona dello Zagorje. La costruzione dei borghi medievali sui pendii a nord della Contea durante il XIII e XIV secolo e la loro ricostruzione, iniziata nel periodo delle lotto contro i Turchi, non ha portato a maggiori raggruppamenti degli insediamenti. La popolazione ha continuato ad abitare nelle loro case, generalmente di legno, le quali venivano abbandonate eventualmente in casi di estremo pericolo, spesso durante gli attacchi dai Turchi, contemporaneamente per nascondersi e per difendersi. A causa delle frequenti incursioni turche, mancanza dei collegamenti stradali, negozi e artigianato specializzato non vi erano le condizioni per uno sviluppo degli insediamenti o città. La dipendenza dei contadini dai vassalli a cui erano sottomessi non permetteva loro di emigrare e di accrescere gli insediamenti. Queste sono le ragioni per le quali nel tardo Medio Evo solo due paesi iniziarono a formarsi in zone urbane - Krapina e Klanjec. 

Le più rilevanti famiglie nobili che vi abitarono e lasciarono l'impronta sulla Contea di Krapina e dello Zagorje furono:

  •          Famiglia Rattkay,
  •          Famiglia Erdody,
  •          Famiglia Keglević,
  •          Famiglia Oršić,
  •          i Conti di Konjski,
  •          Famiglia Sermage.

Nel periodo delle più pesanti incursioni turche nella fortificazione di Krapina sono stati svolti cinque sessioni parlamentari (nel 1598,1599,1600,1605 e nel 1607). Nella città di Krapina si susseguirono spesso i governatori. I più antichi furono i re austro-ungarici, ed accanto a loro vi furono i Duchi di Celje, le famiglie Keglević e Drašković, mentre gli ultimi governatori della città furono le famiglie Lichtenberg e Ottenfels. Nel Medioevo Krapina fu un centro importante e sviluppato per il commercio. Nel 1347 il re Ludovico vi conferì a Krapina il titolo della città libera reale. In quel periodo essa fu il centro delle Contea al quale appartenevano tutte le proprietà e i castelli. Nel XV secolo fu unità alla Contea di Varazdin. Le altre sei città attuali nella Contea - Zabok, Zlatar, Pregrada, Oroslavje, Donja Stubica e Klanjec - nel Medio Ev si svilupparono soprattutto attorno ai nuclei sacrali, come la maggior parte degli insediamenti. 

All'inizio e nella prima metà del XVI secolo molti paesi europei furono colpiti da un' ondata di rivolte contadine. Queste rivolte apparvero anche nella zona dello Zagorje dopo che il Sabor croato dichiarò i servi che rifutarono di pagare le tasse e le imposizioni al vassallo Franjo Tahija, traditori della patria. Il capo della rivolta fu Ambroz Gubec (in seguito chiamato Matija- Matteo) di Gornja Stubica. Nella notta tra il 27 e il 28 gennaio del 1573 la rivolta ebbe inizio con l'attacco su Cesargrad. Durante il mese di febbraio del 1573 è stata schiacciata la rivolta dei servi sloveni, e il giorno seguente anche l'esercito dei servi vicino a Kerestinec, in seguito tutte le ribellioni che apparvero furono messe a tacere. Solamente i ribelli di Gubec ne uscirono vincitori nella zona di Stubičke Toplice in Hrvatsko zagorje, che furono attaccati dall'esercito nobile il 9 febbraio 1573. Matija Gubec è stato catturato e portato a Zagabria dove è stato pubblicamente e in maniera brutale condannato a morte sulla piazza di San Marco il 15 febbraio 1573.