Bistrica se, kao i mnoga druga mjesta Hrvatskog zagorja, prvi put spominje 1209. godina u povelji kojom Andrija II. županu Vratislavu određuje granice njegova feudalnog posjeda. Iako je možda već tada postojala župa, ona se prvi put spominje tek 1334. godine kao župna crkva posvećena apostolskim prvacima Petru i Pavlu. Povijest Majke Božje Bistričke započinje na Vinskom Vrhu. Tamo je prvotno bio čudotvorni kip crne bistričke Madone po kojemu je svetište i danas prepoznatljivo. Kip potječe iz 15. stoljeća, djelo je nepoznatog majstora iz puka, i prvotno je bio čašćen u drvenoj kapeli na Vinskom Vrhu sve do 1545. godine. Kako je kapela bila nebranjena, u neposrednoj blizini osvajačkog koridora Turaka (4. svibnja 1545. godine izvojevali su pobjedu kod nedaleke Konjščine nad vojskom bana Nikole Zrinskog), tadašnji je župnik krišom zakopao kip, tada već na glasu kao čudotvorni, ispod kora župne crkve. Nedugo potom župnik umire, a s njim u grob odlazi i tajna gdje je skriven kip Blažene Djevice Marije. Tek 1588. godine ponovno je otkriven: čudesna svjetlost koja je izbijala ispod pjevališta ponukala je vjernike da tu kopaju i pronađu posve sačuvani Marijin kip. župnik Antun Plavašić (1574. - 1590.) čudesni je kip postavio na oltar gdje su ga počeli častiti s osobitom pobožnošću.

Tijekom prve polovice 18. stoljeća župa i župni dvor neprestano se grade i dograđuju, što svjedoči o gospodarskoj moći župe, koju omogućuju posjeti romara iz svih strana Hrvatske, Štajerske i Ugarske. Trijem s 41 arkadom koji je dao sagraditi župnik Pavao Gojmerec 1748. godine, oslikan je zidnim slikama bistričkih čuda i uslišanja, što je predstavljalo fascinantan prizor hodočasnicima. O snazi i popularnosti svetišta svjedoči i knjiga Petra Berkea iz 1765. g. On je kao kapelan u Mariji Bistrici bio zadužen za njemačke hodočasnike (Štajerce). „Kinč osebujni slavnoga Orsaga Horvatckoga, to jest, čudnovita pripečenja…“ povijest je prošteništa napisana na sočnom kajkavskom (knjiga je, nakon zagrebačkog, doživjela i drugo izdanje u Grazu 1775., a 1985. g. reprintirao ju je mons. Lovro Cindori). Mariji Bistrici pape Benedikt XIV i Klement XIII podjeljuju povlastice, a osobito ju štuju svi zagrebački biskupi, među kojima se ističe Maksimilijan Vrhovac. Od njegovog doba (stolovao je od 1787. do 1827.g.) postoji i tradicionalni raspored proštenjarskih dana, a Marija Bistrica postaje i mjesto važnoga duhovnog i kulturnog središta u vrijeme Ilirskog preporoda.

Današnji izgled bazilike potječe s kraja 19. stoljeća. Župnik Juraj Žerjavić, kardinal Josip Mihalović i ministar Iso Kršnjavi osnovali su povjerenstvo za obnovu svetišta, a glasoviti arhitekt Herman Bollé izabran je da izvrši rekonstrukciju. Radovi su počeli 1879. g. uoči same Velike Gospe. 1880. g. buknuo je požar koji je posve uništio unutrašnjost crkve. Netaknut je ostao samo glavni oltar s čudesnim kipom. Za vrijeme obnove kip su čuvale časne sestre milosrdnice. Novi mramorni oltar, još jedan dar Hrvatskog sabora, posvetio je kardinal Mihalović 1883. g. Papa Lav XIII. poklonio je tom zgodom pozlaćeno podnožje za čudotvorni kip. Papa Pijo XI. 1935. g. dodjeljuje Mariji Bistrici naslov bazilike (basilica minor), a dopuštenjem Kanoničkog kaptola rimske bazilike sv. Petra povodom 250 godišnjice ponovnog našašća kipa, Marija je okrunjena krunom po uzoru na staru hrvatsku krunu. Tim je simboličnim činom postala Kraljica Hrvata, a prigodu je uveličalo 30 tisuća hodočasnika, uz propovijed i posvetu tada mladog nadbiskupa koadjutora, blaženog Alojzija Stepinca. I veća su se mnoštva okupljala pod okriljem bogorodičinim: Marijanski i euharistijski kongres 1971. g. okupio je čak 150 tisuća hodočasnika i poslao snažnu poruku o religijskoj i nacionalnoj svijesti Hrvata u komunističkoj Jugoslaviji. Te je godine i papa Pavao VI. poslao Mariji Bistrici kao dar zlatni kalež, a svetište je i službeno proglašeno „Hrvatskim nacionalnim svetištem Majke Božje Bistričke – Kraljice Hrvata“. Ipak, za najveći događaj u Mariji Bistrici pobrinuo se opet – Alojzije Stepinac. Papa Ivan Pavao II. 1998. g u Mariji Bistrici proglašava kardinala koji je hrvatski narod zavjetovao Mariji blaženikom. U čast papinog posjeta, njegovo je ime dobio glavni trg u Bistrici.

Ocjene i rezervacije